La multinacional tiene el 80% del mercado mundial del software para biociencias
Se incorporan nuevos algoritmos matemáticos que ayudan a reconocer patrones de moléculas
El MIT ha colaborado en la versión final de la nueva base de datos científica Oracle 10g
El mapa del genoma humano o el desarrollo secuencial de las proteínas constituyen proyectos científicos de gran envergadura y muy complejos que requieren contemplar simultáneamente numerosas variables. Por eso, la ciencia requiere herramientas informáticas, como las bases de datos, que automaticen y sistematicen la información para su posterior estudio.
Para facilitar la tarea de la comunidad científica, Oracle, ha creado una base de datos conocida como Oracle 10g, que a través de la incorporación de algoritmos matemáticos permite encontrar patrones sutiles ocultos dentro de grandes cantidades de información, esté o no estructurada en una base de datos. Lo que significa que puede absorber información adicional no almacenada en formato relacional.
En palabras de Pablo Tamayo, director de informática del área de genoma del cáncer del centro de investigación del Massachussets Institute of Technology (MIT) y colaborador de Oracle en el diseño de nuevas funcionalidades de la base de datos Oracle 10g, estos nuevos algoritmos nos van a ayudar a descubrir las metodologías informáticas más avanzadas para combinar datos y aplicaciones, lo que contribuirá a reconocer los patrones de las moléculas. El problema no se deriva tanto de las herramientas o los datos, sino de la capacidad de identificar y validar un método técnico que combine ambos. El entorno Oracle permite a los bioinformáticos invertir nuestro tiempo en las cuestiones de mayor importancia, explorando el correspondiente método sin tener que ser un especialista en
informática.
Oracle 10g permite el análisis estadístico y SQL (lenguaje utilizado en el manejo y consulta de bases de datos), ayudando a la creación de modelos y permitiendo la realización de cálculos de gran complejidad. Entre otras funciones incluye la verificación de hipótesis y las mejoras en el hallazgo de correlaciones y estadísticas de tablas cruzadas, lo que ayuda a los usuarios a preparar los datos para llevar a cabo los análisis más complejos, como por ejemplo data mining.
También incorpora una potente función de búsqueda y reemplazo como las habituales en entornos Java y Unix. De esa forma, los desarrolladores podrán escribir consultas más cortas y manipular los datos de la base de datos como si se hiciera desde fuera.
Oracle 10g también trae nuevo soporte para imágenes, con rotaciones, alternancias rápidas y ajuste de contraste y profundidad de bit. Soporta nuevos formatos de audio y vídeo, extrayendo automáticamente los metadatos asociados. La nueva herramienta de modelado de datos de red espaciales permite diagramar gráficamente las relaciones de la base de datos, representando los datos como nodos y enlaces. Como si de un mapa de rutas se tratara, los biólogos pueden utilizarla para modelar vías metabólicas, interacciones entre proteínas o integrar distintos tipos de datos.
Las tablas externas de Oracle 10g permiten acceder y consultar archivos planos dentro de la base de datos de Oracle, incorporando nuevas capacidades para la carga de información, su transmisión o el almacenamiento de la misma. Asimismo, permite trasladar subconjuntos de datos desde cualquier base de datos de Oracle a otra Oracle 10g, soportando el transporte de espacios de tabla entre plataformas.
La función XML DB permite gestionar grandes cantidades de datos XML almacenados de forma originaria en la base de datos. Según Susie Stephens, directora de productos de biotecnología de Oracle, “a medida que crece el volumen de datos, resulta más lógico llevar los algoritmos a los datos en lugar de extraerlos de las bases de datos para someterlos a ellos”.
Historias de éxito
La empresa Prolexys Pharmaceuticals (antes Myriad Proteomics) ha conseguido archivar en los últimos años las interacciones mutuas de 280.000 proteínas, lo que ayudará a comprender mejor el desarrollo de algunas enfermedades, como la leucemia. Este logro ha sido posible, en palabras de Marcel Davidson, jefe de gestión de la información en Prolexys, porque hemos sido capaces de dotar a nuestras proteínas de datos adicionales, gracias a la rápida automatización de las mismas. Para Davidson, los últimos avances de Oracle son positivos, ya que la compañía está dedicando su esfuerzo a simplificar su base de datos para que sea utilizada por los biólogos. Las últimas modificaciones de Oracle 10g están encaminadas a permitir a los científicos dragar las bases de datos públicas y comparar sus contenidos con otros depósitos de información propietaria.
El hecho de que Oracle 10g ayude a la gestión de una gran cantidad de información ha dado lugar a que los departamentos de informática de grandes corporaciones y los fabricantes de software como Accelrys, MDL e InforSense ya estén evaluando la posibilidad de incorporar este producto a su sistema.
La Compañía
Oracle Corporation es la primera compañía mundial proveedora de soluciones de software al mundo de la empresa. Con unos ingresos de 10.900 millones de dólares, la empresa ofrece su base de datos, herramientas y aplicaciones de gestión, junto con los correspondientes servicios de consultoría, formación y soporte, en más de 145 países de todo el mundo.
En el área de la salud, Oracle ha desarrollado productos clave e innovadores para satisfacer las necesidades de los organismos sanitarios y científicos del mundo. Más información sobre la división de atención sanitaria y ciencias de la investigación de la compañía en: www.oracle.com/industries/healthcare.
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23 – 04 – 2004